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Une jeune participante prend part à l’inoculation d’une souche bactérienne en l'absence d’oxygène, afin de synthétiser de l’hydrogène au laboratoire Bioénergétique et ingénierie des protéines. Avoir pu se mettre dans la peau d’une microbiologiste pour quelques heures l’incitera peut-être à poursuivre des études en sciences. Dans le cadre de la Fête de la science, le CNRS Provence et Corse organise chaque année "Les visites insolites du CNRS" de ses laboratoires. Ces rendez-vous se veulent…

Lymphocyte T infecté par le VIH-1 (en rose) en contact avec un macrophage (en gris), vus en microcopie électronique à balayage. Des scientifiques proposent que le mécanisme de fusion des macrophages avec les lymphocytes T infectés constitue le mode majeur d'infection des macrophages in vivo. Les thérapies antirétrovirales sont efficaces pour réduire la charge virale chez les patients infectés par le VIH-1, mais l'un des défis pour éradiquer complètement le virus reste l'élimination des…

Termites du genre "Nasutitermes". Ils vivent en symbiose avec des microorganismes qui peuvent avoir un rôle de protection des colonies contre les stress biotiques, stress provoqués par des êtres vivants comme, entre autres, des microorganismes entomopathogènes (qui infectent les insectes). L'antibiorésistance (la résistance d’une bactérie à l’action d’un antibiotique) est un phénomène évolutif naturel qui s’est accentué de manière critique ces dernières années à cause d’une utilisation parfois…

This bacterial spore is found, together with many of its conspecifics, in wheat straw cells in cow manure. When stored dry, it no longer forms a life-friendly environment, and some bacteria resist by going dormant and becoming spores, while waiting for more favourable conditions. Then, once the manure is rehydrated, the bacteria start breaking down organic matter again, thus helping to increase the fertility of the soil on which it is spread. Understanding the dynamics of microorganisms in soil…

Artificial intelligence can now be used to detect milk contamination quickly and easily. Certain bacteria such as "Pseudomonas fluorescens" can contaminate milk during the bottling process. As a result, the milk has to be incubated for several weeks to ensure that it is sterile before being sold. With Red One technology, microorganisms can be detected after only 48 hours of enrichment in the bottle. The sample is deposited and filtered automatically on a membrane. An algorithm is then used to…

Ostracods are microscopic crustaceans, most of them no larger than a grain of sand. This specimen of "Havanardia societatis" comes from a lagoon in French Polynesia and has valves with impressive lateral extensions that are specific to this species. It belongs to a major family that has lived for some 500 million years in marine environments ranging from coastal areas to the ocean depths. Fragile yet resilient, ostracods have survived the five mass extinctions that have punctuated the history…

Carte de microscopie électronique de la fibre génomique de mimivirus, pour la forme compacte contenant l’ADN. La structure est organisée en hélice à 5 brins, l'ADN est en beige sur l'image, protégé par l'enveloppe protéique hélicoïdale composée de deux oxydoréductases (des enzymes). Chaque brin du ruban formant cette hélice est coloré différemment sur l'image. Mimivirus appartient à la famille des "Mimiviridae", des virus géants infectant les amibes. Avec un génome ADN de 1,2 million de paires…

Carte de microscopie électronique de la fibre génomique de mimivirus, pour la forme relaxée. La structure est organisée en hélice à 5 brins où l'ADN, qui n'est plus visible dans la forme relaxée, est protégé par l'enveloppe protéique hélicoïdale composée de deux oxydoréductases (des enzymes). Chaque brin du ruban formant cette hélice est coloré différemment sur l'image. Mimivirus appartient à la famille des "Mimiviridae", des virus géants infectant les amibes. Avec un génome ADN de 1,2 million…

Mouvement social (de groupe) de la bactérie "Myxococcus xanthus" contrôlé par les pili de type IV, vu en microscopie à fluorescence. On observe la localisation intracellulaire des protéines FrzS (en rouge) et SgmX (en vert). Les scientifiques ont décrypté le mécanisme moléculaire qui permet d’activer l’appareil de motilité au pôle de cette bactérie se déplaçant en groupes cellulaires hautement coordonnés. Le déplacement des cellules bactériennes est essentiel pour la recherche d’un nouvel…

Observation d'une carotte de sédiment prélevée en zone humide, dans la vasière de la réserve naturelle nationale de l'estuaire de la Seine, sous le pont de Normandie. La pointe très fine d'une microsonde va être plongée progressivement dans le sédiment (100 micromètres par 100 micromètres) pour effectuer des mesures d'oxygène à différentes profondeurs. Un micromanipulateur piloté par ordinateur permet de faire cette opération très précisément et d'enregistrer les taux d'oxygène à chaque palier…

Observation d'une carotte de sédiment prélevée en zone humide, dans la vasière de la réserve naturelle nationale de l'estuaire de la Seine, sous le pont de Normandie. La pointe très fine d'une microsonde va être plongée progressivement dans le sédiment (100 micromètres par 100 micromètres) pour effectuer des mesures d'oxygène à différentes profondeurs. Un micromanipulateur piloté par ordinateur permet de faire cette opération très précisément et d'enregistrer les taux d'oxygène à chaque palier…

Imagerie au microscope optique à épifluorescence d'un biofilm dans un réacteur microfluidique. Les images tridimensionnelles obtenues sont analysées par Benjamin Erable. Chercheur en génie des bioprocédés, il étudie les biofilms au Laboratoire de génie chimique (LGC) à Toulouse. Un biofilm, ou film microbien, est une communauté constituée de microorganismes englobés dans une matrice protectrice de polymères qui se forme sur des surfaces naturelles ou artificielles. Ici, le biofilm est observé à…

Imagerie au microscope optique à épifluorescence d'un biofilm dans un réacteur microfluidique. Les images tridimensionnelles obtenues sont analysées par Benjamin Erable. Chercheur en génie des bioprocédés, il étudie les biofilms au Laboratoire de génie chimique (LGC) à Toulouse. Un biofilm, ou film microbien, est une communauté constituée de microorganismes englobés dans une matrice protectrice de polymères qui se forme sur des surfaces naturelles ou artificielles. Ici, le biofilm est observé à…

Bioréacteur instrumenté exploitant des biofilms électroactifs comme électrocatalyseurs pour la production d'hydrogène vert. Les biofilms, ou films microbiens, sont des communautés constituées de microorganismes englobés dans une matrice protectrice de polymères qui se forment sur des surfaces naturelles ou artificielles. Ils peuvent être utilisés comme catalyseurs dans des procédés de transformation de la matière et de l’énergie, ici la production d'hydrogène vert. Chercheur en génie des…

Réacteur de production d'hydrogène vert, ou "déchets sourcés", par bioélectrolyse des eaux usées. Ce dispositif est à l'échelle pilote, ou semi-industrielle. Il est alimenté en continu avec des eaux usées et exploite des biofilms comme catalyseurs pour la production bioélectrochimique d'hydrogène vert. Les biofilms, ou films microbiens, sont des communautés constituées de microorganismes englobés dans une matrice protectrice de polymères qui se forment sur des surfaces naturelles ou…

Mise en culture en conditions stériles de souches bactériennes issues du microbiote des feuilles d'arabette des dames, "Arabidopsis thaliana". Ces feuilles sont récoltées dans des communautés végétales localisées dans l'ouest de la région Occitanie. Le microbiote est crucial pour la santé des plantes, à la fois pour la croissance et la survie des plantes. Cela est dû en grande partie à la présence de microbes bénéfiques qui mobilisent et fournissent des nutriments aux plantes, ou fournissent…

Prélèvement d'une colonie bactérienne issue du microbiote d'arabette des dames, "Arabidopsis thaliana", sur un milieu gélosé en conditions stériles. Cette colonie bactérienne sera incorporée à la collection de souches bactériennes représentatives du microbiote foliaire des populations naturelles d'"Arabidopsis thaliana" dans l'ouest de la région Occitanie. Après identification de son affiliation taxonomique, cette souche pourrait être caractérisée au niveau de son génome et de son effet sur la…

Centrifugation d'échantillons de sol lors de l'extraction de l'ADN pour une analyse métagénomique. L'objectif de cette analyse est de déterminer la diversité et la composition des communautés bactériennes présentes dans des échantillons de sol. Ils proviennent de 160 populations naturelles d'arabette localisées dans l'ouest de la région Midi-Pyrénées. Le microbiote présent dans le sol est crucial pour la santé des plantes, à la fois pour la croissance et la survie des plantes. L'objectif de ce…

Centrifugation d'échantillons de sol lors de l'extraction de l'ADN pour une analyse métagénomique. L'objectif de cette analyse est de déterminer la diversité et la composition des communautés bactériennes présentes dans des échantillons de sol. Ils proviennent de 160 populations naturelles d'arabette localisées dans l'ouest de la région Midi-Pyrénées. Le microbiote présent dans le sol est crucial pour la santé des plantes, à la fois pour la croissance et la survie des plantes. L'objectif de ce…

Vortex d'un échantillon de sol lors de l'extraction d'ADN pour une analyse métagénomique. Il s'agit ici de vortexer une matrice de billes avec l'échantillon de sol pour lyser les micro-organismes présents et ainsi libérer l'ADN. Cet ADN est analysé afin de déterminer la diversité et la composition des communautés bactériennes présentes dans des échantillons de sol. Ces échantillons proviennent de 160 populations naturelles d'arabette localisées dans l'ouest de la région Midi-Pyrénées. Le…

Prélèvement de surnageants lors de l'extraction d'ADN pour une analyse métagénomique de communautés bactériennes des sol de 160 populations d'"Arabidopsis thaliana" localisées dans l'ouest de la région Occitanie. Le microbiote présent dans le sol est crucial pour la santé des plantes, à la fois pour la croissance et la survie des plantes. L'objectif de ce projet est d'identifier chez "Arabidopsis thaliana" les gènes d'adaptation au microbiote bactérien du sol.

Infiltration à l’aide d’une seringue, d'une culture liquide d'"Agrobacterium tumefaciens" dans les cellules de feuilles de tabac "Nicotiana benthamiana". "A. tumefaciens" est une bactérie du sol parcouru par les racines de plantes. Elle est utilisée comme un outil de transfert du matériel génétique, c'est-à-dire qu'elle peut transférer dans la cellule végétale un fragment d’ADN défini. Pour ce faire, les scientifiques introduisent au préalable l'ADN qui code la protéine qu'ils souhaitent…

Infiltration à l’aide d’une seringue, d'une culture liquide d'"Agrobacterium tumefaciens" dans les cellules de feuilles de tabac "Nicotiana benthamiana". "A. tumefaciens" est une bactérie du sol parcouru par les racines de plantes. Elle est utilisée comme un outil de transfert du matériel génétique, c'est-à-dire qu'elle peut transférer dans la cellule végétale un fragment d’ADN défini. Pour ce faire, les scientifiques introduisent au préalable l'ADN qui code la protéine qu'ils souhaitent…

Délimitation de la zone de la feuille de "Nicotiana benthamiana" infiltrée par la bactérie "Agrobacterium tumefaciens". La zone infiltrée est délimitée afin de repérer la partie exacte de la feuille qui a été en contact avec la bactérie. En effet, certaines protéines produites suite à l’infiltration avec "A. tumefaciens", provoquent une mort cellulaire localisée. Cette mort des cellules foliaires a pour rôle de limiter la propagation du pathogène, qui meurt à son tour. La plante résiste donc à…

Observation de la bactérie "Agrobacterium tumefaciens" après culture sur milieu gélosé et en milieu liquide. Pour assurer la conservation des souches bactériennes étudiées, les bactéries sont stockées à l’état latent dans un congélateur à -80 °C, en présence de glycérol. Il est possible de réactiver leur croissance en les transférant sur une boîte de Petri contenant le milieu de culture gélosé adapté. Chaque bactérie se multiplie pour former une colonie bactérienne qui est ensuite transférée…

Phénotypage de plants d'"Arabidopsis thaliana" infectés par la bactérie phytopathogène "Ralstonia solanacearum". Le symptôme caractéristique de la maladie causée par cette bactérie est le flétrissement irréversible de la plante. L’intensité des symptômes et leur vitesse d’apparition sont fonction de l’hôte (âge, espèce et cultivar), du potentiel d’inoculum (qualité, quantité) et des conditions environnementales (température, humidité, type de sol...). Le phénotypage est l'analyse du…

Préparation de cultures bactériennes pour étalement à l'aide d'un spiraleur. Ces bactéries "Ralstonia solanacearum" proviennent d'une plante d'"Arabidopsis thaliana" où elles ont été préalablement inoculées. Elles colonisent la plante hôte et causent son flétrissement irréversible. Ici, les bactéries récupérées par écrasement de la plante infectée sont étalées sur une boite de culture à l'aide d'un appareil, le spiraleur, afin de pouvoir quantifier le nombre de bactéries présentes dans la…

Dilution du broyage d'arabette des dames, "Arabidopsis thaliana". Cette plante est écrasée dans le but de récupérer puis quantifier le nombre de bactéries qui l'ont infectées. A cause du grand nombre de bactéries présentes dans la plante après infection, la dilution facilite la quantification et donc le dénombrement de bactéries présentes dans la plante.

Stockage dans un congélateur à -80 °C d'échantillons environnementaux. Chaque échantillon issu de prélèvements réalisés sur le terrain est rangé en boîte, référencée dans une base de données. L'objectif de ces études de microbiologie environnementale est de comprendre le fonctionnement de milieux comme les vases. Les microorganismes qui y pratiquent des réactions pouvant aider à dépolluer sont détectés grâce à leurs acides nucléiques. La transformation des nitrates en diazote (dénitrification)…

Stockage dans un congélateur à -80 °C d'échantillons environnementaux. Chaque échantillon issu de prélèvements réalisés sur le terrain est rangé en boîte, référencée dans une base de données. L'objectif de ces études de microbiologie environnementale est de comprendre le fonctionnement de milieux comme les vases. Les microorganismes qui y pratiquent des réactions pouvant aider à dépolluer sont détectés grâce à leurs acides nucléiques. La transformation des nitrates en diazote (dénitrification)…

Echantillons de vase stockés dans un congélateur à -80 °C. Chaque échantillon issu de prélèvements réalisés sur le terrain est rangé en boîte, référencée dans une base de données. L'objectif de ces études de microbiologie environnementale est de comprendre le fonctionnement de milieux comme les vases. Les microorganismes qui y pratiquent des réactions pouvant aider à dépolluer sont détectés grâce à leurs acides nucléiques. La transformation des nitrates en diazote (dénitrification) peut ainsi…

Acides nucléiques extraits de la vase et stockés dans un congélateur à -80 °C. Chaque échantillon issu de prélèvements réalisés sur le terrain est rangé en boîte, référencée dans une base de données. L'objectif de ces études de microbiologie environnementale est de comprendre le fonctionnement de milieux comme les vases. Les microorganismes qui y pratiquent des réactions pouvant aider à dépolluer sont détectés grâce à leurs acides nucléiques. La transformation des nitrates en diazote …

Travail de préparation pour amplification génique par PCR (réaction de polymérisation en chaîne). Cette technique permet de dupliquer une séquence d’ADN ou d’ARN de nombreuses fois à l’identique. On peut ainsi mesurer la charge virale, c’est-à-dire la quantité de virus dans l’organisme d’une personne malade, et déterminer la sévérité de l’infection ou le risque de transmission. L’équipe "Infection virale : persistance, réponse de l’hôte et physiopathologie" s’intéresse à la physiopathologie des…

Travail de préparation pour amplification génique par PCR (réaction de polymérisation en chaîne). Cette technique permet de dupliquer une séquence d’ADN ou d’ARN de nombreuses fois à l’identique. On peut ainsi mesurer la charge virale, c’est-à-dire la quantité de virus dans l’organisme d’une personne malade, et déterminer la sévérité de l’infection ou le risque de transmission. L’équipe "Infection virale : persistance, réponse de l’hôte et physiopathologie" s’intéresse à la physiopathologie des…

Travail de préparation pour amplification génique par PCR (réaction de polymérisation en chaîne). Cette technique permet de dupliquer une séquence d’ADN ou d’ARN de nombreuses fois à l’identique. On peut ainsi mesurer la charge virale, c’est-à-dire la quantité de virus dans l’organisme d’une personne malade, et déterminer la sévérité de l’infection ou le risque de transmission. L’équipe "Infection virale : persistance, réponse de l’hôte et physiopathologie" s’intéresse à la physiopathologie des…

Préparation d'échantillons pour extraction des acides nucléiques. Ce type de macromolécules, qui comprend l’ADN et l’ARN, est le support de l’information génétique des êtres vivants et des virus. L’équipe "Infection virale : persistance, réponse de l’hôte et physiopathologie" s’intéresse à la physiopathologie des infections par le virus de l'immunodéficience humaine (HIV) responsable du sida, celui de l’hépatite E (HEV) et SARS-CoV-2, le virus de la covid-19. Elle étudie les mécanismes de…

Travail de préparation pour amplification génique par PCR (réaction de polymérisation en chaîne). Cette technique permet de dupliquer une séquence d’ADN ou d’ARN de nombreuses fois à l’identique. On peut ainsi mesurer la charge virale, c’est-à-dire la quantité de virus dans l’organisme d’une personne malade, et déterminer la sévérité de l’infection ou le risque de transmission. L’équipe "Infection virale : persistance, réponse de l’hôte et physiopathologie" s’intéresse à la physiopathologie des…

Travail de préparation pour amplification génique par PCR (réaction de polymérisation en chaîne). Cette technique permet de dupliquer une séquence d’ADN ou d’ARN de nombreuses fois à l’identique. On peut ainsi mesurer la charge virale, c’est-à-dire la quantité de virus dans l’organisme d’une personne malade, et déterminer la sévérité de l’infection ou le risque de transmission. L’équipe "Infection virale : persistance, réponse de l’hôte et physiopathologie" s’intéresse à la physiopathologie des…

Séquençage du génome viral du SARS-CoV-2 sur un séquenceur de troisième génération. Cette technique permet de détecter les mutations du génome du virus. Les mutations résultent d’erreurs lors de la réplication virale (le processus par lequel le virus se multiplie). Les étudier permet de tracer la diffusion de l’épidémie de covid-19 en suivant les lignées de virus dans l’espace et dans le temps. On peut aussi repérer les mutations qui impactent l'évolution de l’épidémie, comme la résistance des…

Séquençage du génome viral du SARS-CoV-2 sur un séquenceur de troisième génération. Cette technique permet de détecter les mutations du génome du virus. Les mutations résultent d’erreurs lors de la réplication virale (le processus par lequel le virus se multiplie). Les étudier permet de tracer la diffusion de l’épidémie de covid-19 en suivant les lignées de virus dans l’espace et dans le temps. On peut aussi repérer les mutations qui impactent l'évolution de l’épidémie, comme la résistance des…

Travail de culture cellulaire en laboratoire de sécurité P3. L’équipe "Infection virale : persistance, réponse de l’hôte et physiopathologie" s’intéresse à la physiopathologie des infections par le virus de l'immunodéficience humaine (HIV) responsable du sida, celui de l’hépatite E (HEV) et SARS-CoV-2, le virus de la covid-19. Elle étudie les mécanismes de persistance de ces virus chez l’hôte immunocompétent (HIV) ou chez l’immunodéprimé (HEV, SARS-CoV-2). Elle s’intéresse aux mécanismes d…

Travail de culture cellulaire en laboratoire de sécurité P3. L’équipe "Infection virale : persistance, réponse de l’hôte et physiopathologie" s’intéresse à la physiopathologie des infections par le virus de l'immunodéficience humaine (HIV) responsable du sida, celui de l’hépatite E (HEV) et SARS-CoV-2, le virus de la covid-19. Elle étudie les mécanismes de persistance de ces virus chez l’hôte immunocompétent (HIV) ou chez l’immunodéprimé (HEV, SARS-CoV-2). Elle s’intéresse aux mécanismes d…

Travail de culture cellulaire en laboratoire de sécurité P3. L’équipe "Infection virale : persistance, réponse de l’hôte et physiopathologie" s’intéresse à la physiopathologie des infections par le virus de l'immunodéficience humaine (HIV) responsable du sida, celui de l’hépatite E (HEV) et SARS-CoV-2, le virus de la covid-19. Elle étudie les mécanismes de persistance de ces virus chez l’hôte immunocompétent (HIV) ou chez l’immunodéprimé (HEV, SARS-CoV-2). Elle s’intéresse aux mécanismes d…